西南医科大学校学生团委是在共青团西南医科大学委员会直接指导下的校级学生组织，以服务青年，凝聚青年，引领青年为目的，以“团人求新，引领思潮”为宗旨，以培养和提高学生干部的思想政治素养和社会工作能力，强化校、院、班三级共青团工作运行机制为基本目标，对全团青年进行思想引领，以提升基层团组织活力为工作方向的校级学生组织。搭建与二级院系交流平台开展系列团学对点工作。下设秘书部、组织部、科教部、社会实践部、理论宣传部、素质拓展部。是一支获得全院师生高度评价的政治坚定、作风优良、团结高效、具有奉献精神和良好服务意识的学生骨干队伍。

秘书处：西南医科大学校学生团委秘书处是一个重要的枢纽，团结友爱，广结善缘，灵活变通。负责团委相关档案管理（人事档案、活动档案、例会记录等）工作；开展“青年之声”征稿活动;管理校学生团委线上官方平台以及负责校学生团委内部联谊活动的开展。

组织部：西南医科大学校学生团委组织部是一个思想汇聚，团结友爱，奋进拼搏的大家庭。工作目标是提升全校基层团支部活力，全面负责全校团组织生活、团员团干培训等各项工作。包括制定团组织生活主题、对各支部团组织生活进行考查与评比，团干部培训及团校相关课程安排协调等各项工作。

科教部：西南医科大学校学生团委科教部是思维与智慧交织，青春与活力迸发的人才聚集地。全面负责全校科技文化类活动等各项工作。包括负责组织参加以“挑战杯”等课外科技作品竞赛，开展科技文化节、论坛、讲座等各种形式的课外学术科技活动等。

社会实践部：西南医科大学校学生团委社会实践部秉承“实践方知人生事，磨练才晓人间情”的宗旨全面负责学校的志愿服务与社会实践工作。具体包括规划组织每学期青年志愿者服务活动；协调、指导全校各类青年志愿者团队在校内外开展各项志愿服务活动；研究制定寒暑假社会实践活动方案，做好计划、落实、检查与总结评比表彰工作；对校内外大型志愿者活动进行志愿者选拔。

理论宣传部：西南医科大学校学生团委理论宣传部是诗意与梦想栖息的港湾——“青山不墨千秋画，碧水无弦万古琴”，更是思想与信仰的对话——“青年之思立于史和实，青年之信探于国与家，汇聚青年之言论，提倡人文之情怀”。作为校学生团委对外窗口，主要负责团的理论宣传教育工作。具体包括宣传共青团各项方针政策、服务理念，引导方向等；制定团的宣传教育和思想政治工作的计划、措施和方法；分析研究团员青年的思想动态和状况，开展形式内容丰富多彩的主题教育和学习活动；举办12.9唇舌烽火辩论赛。

素质拓展部：西南医科大学校学生团委素质拓展部具有良好的团队精神和积极进取的生活态度，旨在培养现代青年的两大核心内涵以及提升大学生综合素质。全面负责与二级院系交流与联系，着力打造西南医科大学学生第二课堂成绩单，将团学阵地体系化，团学活动课程化，团学工作职能化，学生培养个性化，工作效果社会化；负责蓝海机构查课，搭建学员与机构间沟通桥梁，反馈信息，确保学员基本权益。